Elle fut fortifiée, en 1791, par les Portugais qui chassèrent les Arabes des Quirimbas et reprirent leurs routes commerciales. Il est devenu le 2ème avant-poste portugais sur la côte est de l'Afrique et plus tard la capitale de la province de Cabo Delgado, Mozambique. Avec la fin de la traite négrière au tournant du XXe siècle et le passage de la capitale à Porto Amélia, l'île d'Ibo s'est retrouvée dans le fascinant marigot dans lequel elle se trouve.